Строительство школы началось в 1990 году в Ленинском районе в микрорайоне № 6 по адресу: Пограничная, 21. Кроме здания школы, на её территории был построен комплекс спортивных сооружений.
С 1 февраля 1991 года директором строящейся школы был назначен Федор Васильевич Куравин, директор высшей квалификационной категории, отличник народного просвещения, кандидат педагогических наук. О периоде строительства и создания школы Федор Васильевич рассказывает так: «Особой вехой моей жизни стала школа № 99. После закрытия школы № 75 всех нас перевели в здание школы № 72, где в первую и вторую смену учились начальные классы 72-ой школы, начинались занятия для наших учеников, но 1 февраля 1991 года меня назначили директором новостройки. Днем я занимался вопросами строительства, обеспечения школы оборудованием, c четырех вечера - учебным процессом в школе № 75. Неоценимую помощь тогда мне оказала завуч Кузьмина Галина Васильевна, к сожалению, она не пошла со мной в 99-ую. школу. Особые слова благодарности хотелось бы сказать учителю труда Евгению Сергеевичу Степанову и его жене Надежде Владимировне, завхозу школы, Людмиле Михайловне Максимец и её мужу Николаю Ивановичу. Именно им выпала самая тяжелая работа по снабжению школы мебелью и оборудованием. 1 сентября 1991 года планировали открыть школу, но политические и экономические проблемы помешали этому. Поэтому занятия в школе начались первого февраля 1992 года для учащихся начальной школы, 3 февраля - для учащихся 5-6 классов, 5 февраля - для учащихся 7-8 классов. 1 февраля 1992 года мы стали считать днем рождения нашей школы. В этот день в спортивном зале состоялся праздник. Учителя начальных классов Коваленко Мария Валерьевна, Малышкина Светлана Ивановна, Грузинова Галина Александровна, Овчинникова Наталья Александровна, Робонен Надежда Михайловна организовали грандиозный праздник для детей и родителей. С 1 сентября 1992 года школа стала функционировать как средняя. Коллектив учителей, учеников, сотрудников, родителей очень старался для того, чтобы школа стала одной из лучших в районе. Нам это удалось». Первыми завучами были Лидия Петровна Ежова, Ольга Ивановна Клокова, Галина Александровна Грузинова. В школе обучалось 1807 учащихся. С 1993 года школа стала экспериментальной площадкой по проблеме самоопределения личности школьника.
С 1995 года при школе открыты классы вечернего обучения. С целью создания условий для самоопределения личности школьника были открыты разноуровневые, многопрофильные классы и классы коррекционного обучения. Педагогический состав насчитывал 105 учителей. Среди них: 2 доктора наук, 2 кандидата наук, 1 заслуженный учитель, 3 отличника просвещения, 10 учителей высшей категории, 27 – первой категории, 32 – второй категории. Федор Васильевич Куравин работал директором со дня начала строительства школы до декабря 1998 года. В этот период в школе работали очень интересные, творческие учителя: Запретилова Людмила Николаевна, Ежова Лидия Петровна, Погорелова Людмила Алексеевна, Жаворонкова Галина Григорьевна, Порошина Марина Энгельсовна, Плаксина Наталья Васильевна, Николаева Антонина Александровна (бывший директор 51-ой школы), Корзун Василий Иванович и многие-многие другие. В 1995 году, после закрытия в районе всех вечерних школ, в школе № 99 появились вечерние классы. Педагогический состав пополнился замечательными учителями во главе с завучем вечерних классов Идой Леонидовной Аникеевой. В их число входили Быкова Рита Романовна, Нестерова Людмила Ивановна, Решетова Валентина Сергеевна, Паршина Галина Анатольевна и Зайцева Римма Егоровна. Об успехах коллектива в первые годы работы школы можно судить по следующим фактам: с первого дня школа «встала на крыло» по показателям учебно-воспитательного процесса. Она стала котироваться на уровне школ № 37, 68, 77, 100, а по физическому и эстетическому воспитанию намного опережала их.
С 1993 года школа № 99 получила статус экспериментальной площадки по проблеме самоопределения личности школьника. В период 1993-1998 г.г. при проведении «Опытно-экспериментальной работы по реализации системы педагогических основ управления школой-комплексом самоопределения личности» была разработана система развития и диагностирования интеллектуальных способностей учащихся; методика изучения интересов; проведена проверка эффективности внедренных педагогических условий, способов самоопределения личности школьника. В создании модели школы-комплекса и реализация ее в опытно-экспериментальном режиме был применен метод научного моделирования, а также осуществлялась гармонизация средового, программно-целевого и проблемно-ориентированного подходов, что позволило учесть опыт развития школы-комплекса в прошлом и дать анализ структуры, функций и наиболее существенных черт исследуемого объекта. Результаты эксперимента показали готовность учителей к работе в условиях школы-комплекса самоопределения личности. Исходя их этого, первым направлением опытно-экспериментальной работы стала организация системы повышения квалификации педагогических кадров. После четырех лет работы школе уже доверили проведение областного конкурса «Учитель года». Гости и участники конкурса были приятно удивлены достижениями новой школы и качеством работы педагогического коллектива. Основным направлением его деятельности стало совершенствование качества образования через обеспечение оптимального уровня организации образовательного процесса на основе обновления содержания образования. Для реализации данной цели, поставленной перед школой, разрабатывались специальные учебные планы, которые являются визитной карточкой школы № 99. В 1993 году был создан школьный народный хор, ставший первым школьным народным хором в городе Челябинске. Он был организован на базе хора шестого класса, где классным руководителем была Устинова Валентина Тихоновна. Руководил хором талантливый преподаватель Двугрошев Валентин Владимирович. В апреле народный хор учащихся школы № 99 своим выступлением произвел в городе фурор. Именно по примеру этого хора в Челябинске стали создаваться народные школьные хоры. Наличие двух спортивных залов способствовало созданию и успешному функционированию спортивных кружков. Школа № 99 заявила о себе как спортивная школа.
С назначением в 1998 году директором школы Рузаевой Ирины Анатольевны учебный план претерпел существенные изменения в связи с учетом социального заказа родителей и учащихся микрорайона, он уже предусматривал введение уроков информатики, начиная с пятого класса. С 2000 года в школе созданы такие структуры, как научно-методический совет, малый педсовет, инновационные группы с целью внедрения инновационных проектов и реализации целевых программ. Были внедрены такие формы, как научно- практическая конференция, медико-психологические консилиумы, творческие лаборатории. Выработаны критерии управленческой культуры. Выпускники школы продолжают обучение в ВУЗах города Челябинска и страны. До 50% выпускников ежегодно поступают в высшие учебные заведения. В период с 2003 по 2009 год школу окончили 450 учащихся, 9 человек из них с медалями. В школе два спортзала, пять мастерских, столовая, два медицинских кабинета, компьютерный класс. МОУ СОШ № 99 является адаптивной моделью с многовариантной основой образовательных услуг. естественно научное направление, гуманитарно-эстетическое направление, экономическое направление, развивающее обучение, спортивно–валеологическое направление, технологическое направление. Школа № 99 - это образовательный комплекс, предоставляющий многовариативную форму обучения: дневную, вечернюю, индивидуальную. Учащиеся и педагоги школы принимают активное участие в научно – практических конференциях, теоретических занятиях – лекциях, семинарах, открытых уроках под руководством академика РАО Усовой А.В. Проводятся интегративные семинары, представленные на различных уровнях: городском, областном российском, международном. В школе реализуется «Образовательная программа МОУ СОШ № 99». Организованы профильные классы: - гуманитарные: история, литература; естественно научные: физика, химия. Введены дополнительные бесплатные образовательные услуги: - для учащихся 1-х и 2-х классов работают группы продленного дня; - дополнительные платные образовательные услуги, программное обеспечение, школа начального развития ребенка. Общеобразовательная система «Школа 2100» включает сборник программ: «Дошкольная подготовка», «Программа дошкольного курса развития речи и подготовка к обучению грамоте», «Программа развития математических представлений», «Раз – ступенька, два – ступенька», «Иностранный язык для детей 7-10 лет», «Программа для общеобразовательных учреждений», « Английский язык 2-4 классы».
